崇州市范围内已发现矿产种类有：铅锌、硫铁锌、煤、砂岩、石灰岩、页岩、砂石、地热、矿泉水等，其中铅锌、硫铁锌、煤、砂岩、石灰岩、地热主要分布在文井江镇一带，页岩主要分布在道明镇、怀远镇一带。有石灰岩矿采矿权一处，资源储量8066.13万吨，地热一处，年允许开采量为14.1万立方米/年。全市森林采伐量为16500立方米；完成征占用林地1宗，面积24.94亩；临时使用林地6宗，面积172.68亩，涉及李家岩水库、元通古镇建设等项目；开展林业行政执法，林业行政案件立案19件，整改林地面积71.911亩，处以罚金929248万元。维护森林生态平衡，全市森林资源“双增长”目标全面完成，森林覆盖率目标达42.16%，森林蓄积达到433万立方米。

珍惜动物主要集中在大熊猫国家公园崇州片区境内，大熊猫国家公园崇州片区位于崇州市西北山区，涉及崇州市的文井江镇和街子镇，范围由原来的四川鞍子河自然保护区、鸡冠山-九龙沟风景名胜区、四川大熊猫栖息地世界自然遗产地及鸡冠山国家森林公园等保护地构成，面积280平方公里，其中核心区面积145平方公里，一般管控区面积135平方公里。据调查统计，截至2021年底，区域内有脊椎动物208种，国家Ⅰ级重点保护野生动物大熊猫、雪豹、金丝猴、牛羚、林麝、绿尾虹雉、斑尾榛鸡、雉鹑等8种，国家Ⅱ级重点保护野生动物有小熊猫、黑熊、水鹿、大灵猫、金猫等14多种。全国第四次大熊猫调查统计结果显示崇州市大熊猫栖息地面积25898公顷，有野生大熊猫26只。