北周武帝时期（561—578），“在富顺县西50千米，荣县东南45千米处开凿盐井”大公井，属犍为郡，以井名置“公井镇”至隋代。

唐高祖武德元年（618），划资阳郡之大牢（今乐山金燕乡）、威远二县于公井镇设荣州置（即荣州衙门），公井镇升公井县。贡井遂为最早设置县衙、州府同在一地的域邑之一。唐贞观六年（632），荣州州治（置）迁大牢，后迁旭川县（今荣县旭阳镇）、公井县治（置）未变，置原地“西北至荣州九十里”。唐太宗时期（627—650）“（荣州）仍治公井属剑南道领县七”。

宋熙宁四年（1071），公井县并入荣德县（今荣县），隶属荣州。至此，历经453年的县治降为公井镇。

明洪武九年（1376），在“新罗二井设盐课司”，改公井盐监为公井盐课司，专署盐政。明嘉靖（1552—1566），因公井盐质纯味佳奉为朝廷贡品，又因“公”“贡”同声共韵，故始称“公井”为“贡井”至今。

清初，自流井、贡井系一厂，合名“富义”，后称“富荣场”。清雍正八年（1730），贡井设县丞署管理盐政。清《荣县志》载：“设县丞驻贡井，属荣县。”遂分“荣富”为二，自流井与贡井以荣溪（今旭水河）为界，以东及南（今筱溪—长土一带）为自流井疆域属富顺管辖，以西及北（今贡井—艾叶一带）为贡井疆域属荣县管辖。清乾隆四十年（1775），贡井地区井灶集中在天池山麓之东岳庙、五皇洞，其边缘为柑子坳、郭家湾、走马岭、雷公滩一带。炭灶集中在石菩萨沟头（今建设路）至东岳庙一带。清光绪三年（1877），清政府在自贡地区设总办官运盐务局管理自流井和贡井盐垣之产、运、销。

中华民国建立（1912年1月1日）至1914年间，政府设四川盐运使署和川南盐务稽核所，在自贡设富荣八垣榷税官署，贡井设蓆草田、苟氏坡、黄石坎3处分署（后称盐垣管区）。贡井以土地坡为界称富荣西场，直至中华人民共和国成立初。民国28年（1939）9月1日，自贡建市，自流井、贡井合称自贡市。贡井设二镇二乡。贡井镇、上坵镇（1942年7月后改称筱溪镇）、艾叶乡、敦睦乡（今建设镇）。民国33年（1944）8月,贡井设三区筱溪镇、四区贡井镇、五区敦睦乡和艾叶乡。

1950年,贡井三、四区合并改称自贡市第二区人民政府，保留五区。1953年1月,自贡市第二区人民政府改称贡井区人民政府，第五区改称自贡市人民政府第二区区公所。同年6月撤销二区区公所，二区的城市部分归贡井区人民政府管辖。时贡井区辖4街（贡井街、筱溪街、长土街、艾叶街），面积为4.06平方千米。1960年11月，自贡部分农村和荣边镇划入贡井区后，面积增加到87.16平方千米。1982年，贡井区辖4街（贡井街、筱溪街、长土街、艾叶街）4乡（艾叶乡、双塘乡、荣边乡、建设乡）。1995年8月，撤乡建镇，贡井建置2街（贡井街、筱溪街）4镇（艾叶镇、长土镇、荣边镇、建设镇）。2005年8月1日，自贡市行政区划调整，将荣县管辖之成佳镇、白庙镇、桥头镇、龙潭镇、五宝镇、莲花镇、章佳乡、牛尾乡8乡镇划归贡井区，同时将贡井区所属的荣边镇划归自流井区管辖。是时，贡井建置2街9镇2乡。2019年8月，行政区划微调。至2020年年末，全区辖成佳、龙潭、五宝、建设、莲花、艾叶和桥头7个镇，筱溪、长土和贡井3个街道，30个社区、90个行政村。2021年8月，完成筱溪、长土和贡井3街道行政区划调整。