郫都区是古蜀文明发源地，在距今二千七八百年前，望帝杜宇和丛帝鳖灵就在此建立国都，以郫为都邑。

公元前314年，秦灭蜀后，在巴蜀地区同时实行分封制与郡县制，此后即以郫邑作为蜀郡的属县，称郫县，此为郫县建置之始。秦汉时期，郫县地域辽阔，包含今成都、温江、都江堰和彭州等县市的部分区域。

后周时，划沱江北为新置九陇县的一部分，今属彭州。

唐朝，西部设唐昌县，后称崇宁县。其后又在东部设犀浦县，宋代改县为镇归入郫县。

宋太平兴国年间（976—984年）为36乡，元丰年间（1078—1085年）为14乡及犀浦、马街、雍店（今花园）3镇，明代编为7里。

1949年前，郫县设2镇19乡，面积为289平方公里。1952年春，成都撤县，将安靖、仁义、清溪、金泉、万福等并入郫县。

1958年秋，崇宁县并入郫县。1959年7月，柏条河以北与彭县接壤的丰乐、桂花、庆兴、君平乡划并彭县。

2003年，成都高新区西区移交整合，合作、犀浦、红光、郫筒、德源等镇全部或部分村社共35平方公里划归高新区管理。

2016年12月24日，经国务院正式批准，郫县撤县设区，称为郫都区。

2019年10月，成都市郫都区镇（街道）行政区划进行调整改革，撤销花园镇、友爱镇建制，合并设置友爱镇；撤销唐元镇、唐昌镇建制，合并设置唐昌镇；撤销古城镇、三道堰镇建制，合并设置三道堰镇；撤销新民场镇、安德镇建制，合并设置安德街道；撤销红光镇、犀浦镇、德源镇、安靖镇、团结镇建制，设置红光街道、犀浦街道、德源街道、安靖街道、团结街道；镇（街道）（含成都高新区托管的合作街道和西园街道）调整为12个，其中镇3个、街道9个。

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