南充历史悠久，有2200年的建城史。唐尧、虞舜之前便谓“有果氏之国”，春秋以来历为都、州、郡、府、道之治所。商、周时期，属巴国。秦惠文王更元九年（公元前316年）秦灭巴国，秦惠文王十一年（公元前314年）置阆中县，隶巴郡（今重庆市）。汉高祖五年（公元前202年），析阆中县南设立安汉县，继析阆中县西南，设置充国县。汉献帝兴平二年（195年），南充境内设巴郡。建安六年（201年），巴郡更名为巴西郡。隋开皇十八年（598年），安汉县更名为南充县，此为南充一名之始。

唐武德四年（621年），因治地城西历来有盛产黄果（柑橘）的果山而置果州（州治今顺庆区），故称南充为“果城”。宋理宗宝庆三年（1227年），升果州为顺庆府。清雍正八年（1730年），置川北道。民国24年（1935年），在南充设第十一行政督察区。

1949年12月，中共川北区委成立。1950年1月，川北人民行政公署成立。1950年3月，析南充县城关所属区域设立南充市，隶属川北行署区。1952年，撤川北行署区，原南充专区改隶四川省人民政府。1953年5月，原川北行署直辖的南充市改为省辖市(降为县级)，由南充专署代管。1955年1月，南充专区隶属四川省人民委员会。1969年1月，南充地区革命委员会成立。1978年5月，改南充地区革命委员会为南充地区行政公署。1993年7月，撤南充地区、南充市及南充县，设立南充市（地级），南充市人民政府驻顺庆区。