南部县名由充国县—南充国县—南国县—南部县演变而成。充国县之名，始见于《汉书·地理志》，为巴郡11县之一。县名由来和含义，史无记载。今人考据，古充国境本为賨人聚居区，后巴人南来，以“賨”“充”协韵，称土著賨人曰“充”，故以充国名之，亦有羁縻之意。

南充国县，始见于《华阳国志》：“和帝时置，有盐井，大姓侯、谯氏。”献帝初平四年（193），分充国置南充国县（见《续汉书》及注）。分南充国后，充国在西，故后称西充国。蜀汉至晋皆有西、南二充国（《蜀志》：谯周，西充国人；张嶷，南充国人。又见《晋志》）。李雄据蜀时期，因战乱，充国荒废（见《寰宇记》），西充国并于南充国，所以常璩撰《华阳国志》时只有南充国。刘宋改南充国县为南国县。梁武帝天监二年（503），改南国县为南部县。