南部县土地以农林地为主，占全县总面积的88.56%；土地总面积22.12万公顷，其中，山地占72.38%，平坝地占27.62%。据第二次全国土壤普查，全县土壤有潮土、黄壤、紫色土、水稻土4个土类，6个亚类，13个土属，54个土种。县境属亚热带常绿阔叶林区，植物种类繁多，主要有乔木、灌木、草本植物、蕨类及藤本等植物，原始自然植被丰富，柏、松、樟、桤、竹以及黄荆、马桑、巴茅等生长繁茂。县境内有动物资源311种，其中属国家和省重点保护的珍稀动物23种。县境内石油、天然气分布在伏虎、双佛、万年、老鸦、东坝等地，有40余个井位产油产气。南部县有丰富的河沙、卵石等自然资源，嘉陵江流经县境78千米，西河贯穿南部县全境，每涨一次大水，沿河两岸便沉积大量沙石，估算积蓄量约4000万立方米。