境内自然资源丰富。安宁河从湾丘彝族乡入境米易县，流经湾丘、白马、草场、攀莲、丙谷、撒莲、得石7个乡镇，流域面积1769平方千米，全长78千米，在得石镇出境汇入雅砻江。安宁河汛期最大洪峰流量3768立方米/秒，水能资源理论蕴藏量29.84万千瓦，可开发量12.75万千瓦。汇入安宁河干流的楠木河等主要支流，集雨面积均在100平方千米以上；汇入雅砻江水域的普威河集雨面积323平方千米。各支流河道上部大都坡高山徒，沟壑纵横，森林茂密，植被好，雨量充沛。楠木河、普威河、草场河蕴藏可开发利用的水能资源，能够建成一级或多级电源点。安宁河干流上建有乌龟石、小三峡、城南、湾滩等电站。

米易县位于康滇成矿带中段，金属、非金属矿产资源丰富，发现有矿产资源13类50余种、矿产地175处，其中大型矿床14个、中型矿床27个、小型矿床19个、矿点47个、矿化点68个。得到开发利用的矿种13种。其中，钒钛磁铁矿是全县最重要的矿产资源，累计探明钒钛磁铁矿储量达49亿吨，伴生钒、钛资源储量分别为510万吨和1.5亿吨；“中华绿”“豹皮花”“冰花蓝”“二滩蓝”花岗石资源储量1.2亿立方米以上；硅藻土矿资源储量约1356.2万吨。还有铅锌、铜、锰、金、铀、镍、磷、钾、铝土、高岭土、水晶石、石墨、地热等矿产资源。

全县有采矿权31个，主要开采矿种为花岗石矿、钒钛磁铁矿、石灰石矿等；探矿权9个，主要勘查矿种为钒钛磁铁矿、铂矿等。其中钒钛磁铁矿年产总量2000多万吨，产值39亿元；花岗石年产总量3万立方米，产值8000万元；石灰石年产量75万吨，产值2000万元；矿业总产值超40亿元。

野生生物资源丰富，种类较多。植物类呈3个分布层：干热河谷稀树草坡层；中山峡谷阔叶混交林以及云南松纯林带层；高山针阔叶林混交以及灌木丛林层。主要植物为禾本科、松科、水青冈科、杜鹃科、壳斗科等，主要树种有云南松、云南油杉、黄杉、云杉、木棉等。查明的动物资源有5纲，29目，72科，175属，264种，其中野生动物资源有186种，属国家一级保护的有小熊猫、山鹧鸪、黑头角雉、红胸角雉、细嘴松鸡等5种；国家二级保护的有穿山甲、棕熊等19种。野生动、植物药材资源有172科、411属、629种，收入《中华人民共和国药典》（1977年版）的有289种；特殊植物米易冠唇花载入《中国药物志》。